Als mehrheitlich passive Anlageinstrumente sind ETFs darauf ausgerichtet, die Renditen eines Vergleichsindexes nachzubilden. Am einfachsten wird dies durch die physische Nachbildung erreicht, bei welcher der ETF-Manager die zugrundeliegenden Vermögenswerte des Indizes – Aktien, Obligationen oder auch Goldbarren – einfach kauft. Eine andere gängige Methode der Indexnachbildung ist jedoch die synthetische Nachbildung, bei welcher der ETF-Manager stattdessen einen Swap-Kontrakt mit einer Investmentbank abschliesst, in dem die Zahlung der Indexrendite gegen eine geringe Gebühr und Erträge aus Sicherheiten, die im ETF-Portfolio gehalten werden, vereinbart wird.

Der Begriff Tracking Error wird verwendet, um die Abweichung der Rendite eines ETF-Portfolios von seinem Vergleichsindex zu beschreiben. Die größte Quelle für den Tracking-Error ergibt sich im Allgemeinen aus der Belastung durch Kosten und Steuerrückbehalte in Verbindung mit Dividendenzahlungen. Auch Obergrenzen bei der Gewichtung von Wertpapieren eines einzelnen Emittenten können den ETF daran hindern, die Gewichtung des Vergleichsindexes exakt nachzubilden. In einigen Fällen, insbesondere bei Indizes die festverzinsliche Wertpapiere oder Aktien von Schwellenländern abdecken, wird sich der ETF-Manager auf eine individuelle Portfoliostrukturierung verlegen. Individuell strukturierte Portfolios enthalten einige der weniger liquiden Wertpapiere nicht in ihrem Index, doch versucht der ETF-Manager die Nachbildung des Vergleichsindexes für das gesamte Portfolio mittels einer vernünftigen Auswahl von Positionen, gegebenenfalls unter Nutzung von Derivaten, zu erreichen.

Swap-basierte oder synthetische Nachbildungs-ETFs haben ebenfalls an Beliebtheit gewonnen, weil sie Unternehmen die Möglichkeit geben, die Gesamtrendite für einen Aktienkorb zu versprechen, der sowohl den Ertrag aus dem Kursanstieg der Aktien als auch den Ertrag aus ihren reinvestierten Dividendenzahlungen umfasst. Die Rendite von physischen Nachbildungs-ETFs auf der Grundlage von Aktienindizes einschließlich ausländischer Unternehmen weicht häufig wegen der Quellensteuer auf Dividendenzahlungen von der Indexrendite ab, welche nur zum Teil erstattet wird nachdem der Aktionär seine Jahressteuererklärung einreicht.

Zwar ist bei der synthetischen Nachbildung von ETFs ein Tracking Error ausgeschlossen und es werden die Belastungen durch die Verrechnungssteuer auf Dividendenzahlungen reduziert, doch belastet sie das Kontrahentenrisiko. Da nur die Kreditwürdigkeit der Gegenpartei der Investmentbank die Rendite aus diesen ETFs gewährleistet, sollte der Anleger Vertrauen in dieses Engagement haben. Ziel von Swap-basierten ETFs ist es, das Kreditrisiko durch das Halten von Sicherheiten zu minimieren, um die Anleger auszahlen zu können, sollte die Investmentbank Bankrott gehen, sowie durch die Nutzung unterschiedlicher Gegenparteien.

Auf dem europäischen ETF-Markt wenden die meisten Anbieter die synthetische Nachbildungsmethode an. Der größte Anbieter, iShares, wendet jedoch die physische Nachbildungsmethode an. Dadurch hat der Anleger den Vorteil bei den meisten Anlageklassen, Stilen und Regionen zwischen diesen beiden Methoden wählen zu können.